本校建校初期即籌設「水質淨化廠」，期間成立環保組，本中心由環安系謝祝欽教授悉心規劃下，依據教育部「教育行政機關及所屬各級學校暨附屬機構環境保護小組設置要點」於九十一年十月二日提案校務會議通過「環境安全科技中心」設置辦法，報教育部核備正式成立「環境安全科技中心」為學校一級單位，全名為「國立雲林科技大學環境安全科技中心」。首任中心主任由環安系教授兼任，領導本中心之運作為因應校園環保及安全衛生工作，本中心分設二組，掌理各類工作事項並依業務性質就校內相關科系、學有專精之專任教師，兼任組長，借重他們的專業，為大家提供完善的諮詢與服務。初期行政業務則由三位組員負責，每人各負責兩組業務，以推動校園環保及列管實驗廠所安全衛生工作。

     本中心設置的主要目的之一，是為提昇校園環境保護及確保職業安全生，依據政府法令訂定校園環保與安衛法規，督導協助校內各教學、研究及行政單位執行環保安衛工作。